关于公司社保费用从员工工资中扣除的问题，是

公司从员工工资中代扣社保费用是合法的。依据《劳动法》等规定，用人单位可代扣劳动者社保费，这属于员工工资所得的一部分。若不及时处理，可能导致员工社保断缴，影响员工权益及企业信誉。
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公司扣社保合法。操作如下：首先确认扣除费用明细；其次与HR沟通了解扣除原因；若发现违法扣除，可向劳动监察部门投诉，并提供工资条等证据；最后，等待部门调查处理。
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处理公司社保费用扣除问题，常见方式有咨询劳动部门、与用人单位沟通或法律途径维权。建议先与用人单位沟通，无果后再考虑法律途径，确保权益得到保障。